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有關青蒿素的發明一直飽受爭議，2009年，屠呦呦發表了由她編著的《青蒿及青蒿素類藥物》后，同樣參加“523”項目，并在改造青蒿素分子結構中作出關鍵貢獻的中科院上海藥物所研究員李英曾撰文稱：這本書是為了宣揚中國中醫研究院中藥研究所和屠呦呦的功勞而寫的，并不是為了全面介紹中國的青蒿素類藥物而寫的。“許多部分歪曲歷史、無視當今現實，嚴重誤導讀者，影響極壞。應當給予揭露和澄清”。

李英在接受媒體采訪的時候也表示這一發明此前曾獲國家發明二等獎，并獲香港、泰國等獎項，“但都是頒給集體”。

“因為‘文革’，中國的所有文章（無論是論文還是報刊上的文章），除了毛澤東的出版物和馬列經典外，有段時間幾乎都不標明作者，特別是個人作者，要么不標作者、要么用集體作者。為了平等而取消標明作者，帶來其后更多爭論，頗具諷刺意味。”饒毅告訴時代周報記者。

李英認為，屠呦呦用青蒿的乙醚中性提取物證明了青蒿的有效，是重要貢獻，但屠呦呦對其他發明環節很難出力。

李英接受采訪時表示：“屠呦呦的乙醚提取物有效確實再次激發了‘523’研究人員對青蒿的研究熱情。1973年，云南省藥物研究所和山東省寄生蟲病研究所利用當地植物資源，也先后用溶劑汽油等其他有機溶劑從黃花蒿中分離出有效單體，一種白色的針狀結晶，以后正式命名為青蒿素。”

一個不爭的事實是，中醫研究院用屠呦呦提取的結晶做臨床實驗結果不夠理想并有毒副作用。而云南藥物所羅澤淵等人提供的結晶通過李國橋等人的臨床驗證，證明確實對惡性瘧尤其是腦型瘧有效。

那么，青蒿素到底是誰發現的？

有關這一點，李國橋說，據說后來變得私底下都說是自己提取出的結晶，但是提取出結晶不見得就是青蒿素。因為青蒿里面有7種結晶，只有一種是青蒿素，只有肯定了臨床效果的才是青蒿素。如果臨床上拿不出效果來，這種結晶就不是青蒿素，問題就出在這里。

不僅如此，李國橋在接受媒體采訪時表示，事實上云南方面并沒有采用屠呦呦的乙醚提取方式，他們只是受到北京中藥所的啟示。因此雙方的“提取的方法完全不一樣，各有各的方法，云南當時選用的是溶劑汽油等有機溶劑，使用以后就有粗結晶出來了”。

“屠呦呦創造了用乙醚來制取青蒿素的方法，這是最原創最重要的發現，后來對青蒿的研究貢獻也很多。諾貝爾獎勵的主要是原創的思路(低溫萃取)和思想的來源（葛洪《肘后備急方》），而非具體的產品。